Cell line identification and characterization    

Identification and characterization with peptide mass fingerprinting data

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

FindMod

 

 

 

 

 

 

 

 

FindPept

 

 

 

 

 

 

 

 

Mascot

 

 

 

 

 

 

 

 

PepMAPPER

 

 

 

 

 

 

 

ProFound

 

 

 

 

 

 

 

 

Protein Prospector

 

 

 

 

 

 

 

Identification and characterization with MS/MS data

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

QuickMod

 

 

 

 

 

 

 

 

Phenyx

 

 

 

 

 

 

 

 

Mascot

 

 

 

 

 

 

 

 

OMSSA

 

 

 

 

 

 

 

 

PepFrag

 

 

 

 

 

 

 

 

ProteinProspector

 

 

 

 

 

 

 

Identification with isoelectric point, molecular weight and/or amino acid composition

 

 

 

 

 

 

 

 

 

AACompldent

 

 

 

 

 

 

 

AACompSim

 

 

 

 

 

 

 

Tagldent

 

 

 

 

 

 

 

 

Multident

 

 

 

 

 

 

 

 

Other prediction or characterization tools

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

ProtParam

 

 

 

 

 

 

 

Compute pl/Mw

 

 

 

 

 

 

 

PeptideCutter

 

 

 

 

 

 

 

PeptideMass

 

 

 

 

 

 

 

xComb

 

 

 

 

 

 

 

 

xQuest

 

 

 

 

 

 

 

 

SmileMS

 

 

 

 

 

 

 

 

SmileMS molecule toolkit

 

 

 

 

 

 

Other proteomics tools Glycotools

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

GlycanMass

 

 

 

 

 

 

 

GlycoMod

 

 

 

 

 

 

 

 

GlycospectrumScan

 

 

 

 

 

 

 

Glycoviewer

 

 

 

 

 

 

 

Other tools for MS data (vizualization, quantitation, analysis, etc.)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

HCD/CID spectra merger

 

 

 

 

 

 

MALDIPepQuant

 

 

 

 

 

 

 

Msight

 

 

 

 

 

 

 

 

plcarver

 

 

 

 

 

 

 

 

Other tools for 2-DE data (image analysis, data publishing, etc.)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

ImageMaster / Melanie

 

 

 

 

 

 

MAKE2D-DB II

 

 

 

 

 

 

 

DNA -> Protein

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Translate

 

 

 

 

 

 

 

 

Transeq

 

 

 

 

 

 

 

 

Graphical Codon Usage Analyser

 

 

 

 

 

 

BCM search laucher

 

 

 

 

 

 

 

Reverse Translate

 

 

 

 

 

 

 

Reverse Transcription and Translation Tool

 

 

 

 

 

Genewise

 

 

 

 

 

 

 

 

Similarity searches

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

BLAST at ExPASy

 

 

 

 

 

 

 

BLAST at EMBnet-CH/SIB

 

 

 

 

 

 

BLAST at NCBI

 

 

 

 

 

 

 

BLAST at PBIL

 

 

 

 

 

 

 

WU-BLAST at BorkĀ“s group in EMBL

 

 

 

 

 

WU-BLAST at EBI

 

 

 

 

 

 

 

Fasta3

 

 

 

 

 

 

 

 

MPsrch

 

 

 

 

 

 

 

 

ProbSearch

 

 

 

 

 

 

 

SAMBA

 

 

 

 

 

 

 

 

SAWTED

 

 

 

 

 

 

 

 

Scanps

 

 

 

 

 

 

 

 

SEQUEROME

 

 

 

 

 

 

 

SHOPS

 

 

 

 

 

 

 

 

BLAST2FASTA

 

 

 

 

 

 

 

Pattern and profile Searches

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

InterPro Scan

 

 

 

 

 

 

 

MyHits

 

 

 

 

 

 

 

 

ScanProsite

 

 

 

 

 

 

 

HamapScan

 

 

 

 

 

 

 

MotifScan

 

 

 

 

 

 

 

 

ProDom

 

 

 

 

 

 

 

 

Superfamily Sequence Search

 

 

 

 

 

 

FingerPRINTScan

 

 

 

 

 

 

 

3of5

 

 

 

 

 

 

 

 

ELM

 

 

 

 

 

 

 

 

PPSEARCH

 

 

 

 

 

 

 

 

PROSITE Scan

 

 

 

 

 

 

 

PATTINPROT

 

 

 

 

 

 

 

SMART

 

 

 

 

 

 

 

 

TEIRESIAS

 

 

 

 

 

 

 

 

9aaTAD

 

 

 

 

 

 

 

 

Post-translational modification prediction

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

ChloroP

 

 

 

 

 

 

 

 

LipoP

 

 

 

 

 

 

 

 

MITOPROT

 

 

 

 

 

 

 

 

PATS

 

 

 

 

 

 

 

 

PlasMit

 

 

 

 

 

 

 

 

Predotar

 

 

 

 

 

 

 

 

PTS1

 

 

 

 

 

 

 

 

SignalP

 

 

 

 

 

 

 

 

DictyOGlyc

 

 

 

 

 

 

 

NetOGlyc

 

 

 

 

 

 

 

 

NetGlycate

 

 

 

 

 

 

 

NetNGlyc

 

 

 

 

 

 

 

 

OGPET

 

 

 

 

 

 

 

 

YinOYang

 

 

 

 

 

 

 

 

big-PI Predictor

 

 

 

 

 

 

 

GPI-SOM

 

 

 

 

 

 

 

 

Myristoylator

 

 

 

 

 

 

 

NMT

 

 

 

 

 

 

 

 

CSS-Palm

 

 

 

 

 

 

 

 

PrePS

 

 

 

 

 

 

 

 

NetAcet

 

 

 

 

 

 

 

 

NetPhos

 

 

 

 

 

 

 

 

NetPhosK

 

 

 

 

 

 

 

 

NetPhosYeast

 

 

 

 

 

 

 

GPS

 

 

 

 

 

 

 

 

Sulfinator

 

 

 

 

 

 

 

 

SulfoSite

 

 

 

 

 

 

 

 

SUMOplot

 

 

 

 

 

 

 

 

SUMOsp

 

 

 

 

 

 

 

 

TermiNator

 

 

 

 

 

 

 

NetPicoRNA

 

 

 

 

 

 

 

NetCorona

 

 

 

 

 

 

 

ProP

 

 

 

 

 

 

 

 

Topology Prediction

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

NetNES

 

 

 

 

 

 

 

 

PSORT

 

 

 

 

 

 

 

 

SecretomeP

 

 

 

 

 

 

 

TargetP

 

 

 

 

 

 

 

 

TatP

 

 

 

 

 

 

 

 

DAS

 

 

 

 

 

 

 

 

HMMTOP

 

 

 

 

 

 

 

 

PredictProtein

 

 

 

 

 

 

 

SOSUI

 

 

 

 

 

 

 

 

TMHMM

 

 

 

 

 

 

 

 

Tmpred

 

 

 

 

 

 

 

 

TopPred

 

 

 

 

 

 

 

 

Primary sturcture analysis

ProtParam

 

 

 

 

 

 

 

Compute pl/Mw

 

 

 

 

 

 

 

Scansite pl/Mw

 

 

 

 

 

 

 

MW, pl, Titration Curve

 

 

 

 

 

 

Scratch Protein Predictor

 

 

 

 

 

 

HeliQuest

 

 

 

 

 

 

 

 

Radar

 

 

 

 

 

 

 

 

REP

 

 

 

 

 

 

 

 

REPRO

 

 

 

 

 

 

 

 

T-REKS

 

 

 

 

 

 

 

 

TRUST

 

 

 

 

 

 

 

 

XSTREAM

 

 

 

 

 

 

 

 

SAPS

 

 

 

 

 

 

 

 

Coils

 

 

 

 

 

 

 

 

PairCoil

 

 

 

 

 

 

 

 

PairCoil2

 

 

 

 

 

 

 

 

Multicoil

 

 

 

 

 

 

 

 

2ZIP

 

 

 

 

 

 

 

 

ePESTfind

 

 

 

 

 

 

 

 

HLA_Bind

 

 

 

 

 

 

 

 

PEPVAC

 

 

 

 

 

 

 

 

RANKPEP

 

 

 

 

 

 

 

 

SYFPEITHI

 

 

 

 

 

 

 

 

ProtScale

 

 

 

 

 

 

 

 

Drawhca

 

 

 

 

 

 

 

 

Peptide Builder

 

 

 

 

 

 

 

Protein Colourer

 

 

 

 

 

 

 

Three to One

 

 

 

 

 

 

 

Three-/one-letter amino acid converter

 

 

 

 

 

Colorseq

 

 

 

 

 

 

 

 

PepDraw

 

 

 

 

 

 

 

 

RandSeq

 

 

 

 

 

 

 

 

Secondary structure prediction

AGADIR

 

 

 

 

 

 

 

 

APSSP

 

 

 

 

 

 

 

 

CFSSP

 

 

 

 

 

 

 

 

GOR

 

 

 

 

 

 

 

 

HNN

 

 

 

 

 

 

 

 

HTMSRAP

 

 

 

 

 

 

 

 

Jpred

 

 

 

 

 

 

 

 

JUFO

 

 

 

 

 

 

 

 

NetSurfP

 

 

 

 

 

 

 

 

NetTurnP

 

 

 

 

 

 

 

 

nnPredict

 

 

 

 

 

 

 

 

Porter

 

 

 

 

 

 

 

 

PredictProtein

 

 

 

 

 

 

 

Prof

 

 

 

 

 

 

 

 

PSA

 

 

 

 

 

 

 

 

PSIpred

 

 

 

 

 

 

 

 

SOPMA

 

 

 

 

 

 

 

 

Scratch Protein Predictor

 

 

 

 

 

 

DLP-SVM

 

 

 

 

 

 

 

 

Tertiary Structure Analysis 

iMolTalk

 

 

 

 

 

 

 

 

MolTalk

 

 

 

 

 

 

 

 

COPS

 

 

 

 

 

 

 

 

PoPMuSiC

 

 

 

 

 

 

 

 

Seq2Struct

 

 

 

 

 

 

 

STRAP

 

 

 

 

 

 

 

 

TLSMD

 

 

 

 

 

 

 

 

TopMatch-web

 

 

 

 

 

 

 

Tertiary Structure Prediction

SWISS-MODEL

 

 

 

 

 

 

 

CPHmodels

 

 

 

 

 

 

 

ESyPred3D

 

 

 

 

 

 

 

Geno3d

 

 

 

 

 

 

 

 

Phyre

 

 

 

 

 

 

 

 

Fugue

 

 

 

 

 

 

 

 

Hhpred

 

 

 

 

 

 

 

 

LOOPP

 

 

 

 

 

 

 

 

SAM-T08

 

 

 

 

 

 

 

 

PSIpred

 

 

 

 

 

 

 

 

HMMSTR/Rosetta

 

 

 

 

 

 

 

Assessing tertiary structure prediction

 

 

 

 

 

Anolea

 

 

 

 

 

 

 

 

LiveBench

 

 

 

 

 

 

 

 

NQ-Flipper

 

 

 

 

 

 

 

PROCHECK

 

 

 

 

 

 

 

ProSA-web

 

 

 

 

 

 

 

QMEAN

 

 

 

 

 

 

 

 

What If

 

 

 

 

 

 

 

 

Quanternary structure

MakeMultimer

 

 

 

 

 

 

 

EBI PISA

 

 

 

 

 

 

 

 

PQS

 

 

 

 

 

 

 

 

ProtBud

 

 

 

 

 

 

 

 

Molecular modeling and visualization tools

Swiss-PdbViewer

 

 

 

 

 

 

 

SwissDock

 

 

 

 

 

 

 

 

SwissParam

 

 

 

 

 

 

 

Ascalaph Packages

 

 

 

 

 

 

 

Astex Viewer

 

 

 

 

 

 

 

Jmol

 

 

 

 

 

 

 

 

MarvinSpace

 

 

 

 

 

 

 

MolMol

 

 

 

 

 

 

 

 

MovieMaker

 

 

 

 

 

 

 

PyMol

 

 

 

 

 

 

 

 

Rasmol

 

 

 

 

 

 

 

 

SRS 3D

 

 

 

 

 

 

 

 

VMD

 

 

 

 

 

 

 

 

YASARA